Edward G. Farrugia è nato nel 1947 a Marsa, Malta, ed è entrato nella Compagnia di Gesù nel 1963. Nel 1972 ha ottenuto un dottorato in filosofia alla St Louis University, USA, e successivamente un dottorato in teologia. Dal 1981 insegna al Pontificio Istituto Orientale, dove è ordinario per la dogmatica e la patrologia orientale.